Nel 1535 l'Europa, lacerata dallo scisma di Lutero, è incendiata da improvvise e violente insurrezioni contro la Chiesa cattolica e il Papa. A Münster, Bernd Rothmann, un giovane predicatore cresciuto sotto l'ala protettrice del vescovo della città tedesca, capeggia la rivolta contro la corrotta gerarchia cattolica.
Rothmann ha studiato a Colonia, dove si è imbevuto delle opere e del pensiero di Gioacchino da Fiore, di Erasmo e di altri autori in odore di eresia, poi si è recato a Wittemberg ad ascoltare Lutero e Melantone e a fare propria l'arte della stampa. Non esita perciò a proclamare a Münster la più assoluta libertà religiosa.
Nella città accorrono centinaia di pellegrini, religiosi e profeti d'ogni specie, come Jan Mathijs e Jan Beukels, gli anabattisti che predicano il ritorno alla purezza del cristianesimo primitivo.
La rivolta, però, viene immediatamente soffocata dall'Inquisizione e dagli eserciti cattolici. Il 25 giugno, le truppe del vescovo Franz von Waldeck penetrano nella città e, saccheggiando, tagliando lingue, squartando corpi e lasciandoli sotto il sole a seccare come pergamene di capra, pongono fine all'insurrezione.
Il fantasma di Münster, tuttavia, non cessa di turbare i sogni e gli equilibri di mezza Europa cattolica.
Diciotto anni dopo a Lione, Matthieu Ory, supremo inquisitore del Regno di Francia, riceve da Roma l’ordine di scoprire chi sia il misterioso MSV, autore di un’opera intitolata Christianismi restitutio, un trattato velenoso che spazia dalla scienza all’anatomia, all’astrologia, a una perfetta conoscenza della religione, della filosofia e della teologia, e che si fa beffe del dogma dello Spirito Santo. Ory pensa bene di affidare l’incarico di identificare l’eretico autore a un rinomato incisore di Lione che fornisce punzoni a quasi tutti i fonditori e le stamperie del regno di Francia: Joachim Pfister. Una persona rispettabile, un uomo pio ma dal passato oscuro che affonda le sue radici nei giorni folli dell'insurrezione di Münster.
Avvincente romanzo che illumina lo spirito dell’Europa al tempo dell’Inquisizione, L’incisore di Lione costituisce anche una perfetta metafora della nostra epoca, nel momento in cui lo spettro del fanatismo religioso sembra riaggirarsi minaccioso in Occidente.